谷种浸种24小时后，碳水化合物就开始转化。
首先，盾片里本来存在着赤霉素的前身，发芽时胚吸水，胚内的酶活化，把赤霉素前身转变为赤霉素，分泌到胚乳的糊粉层细胞和盾片的上皮细胞中，诱导这两种细胞迅速合成a-淀粉酶并分泌到胚乳细胞中去；与此同时，这两种细胞也能合成和分泌各种水解酶到胚乳中去，从而催化淀粉的迅速降解。
紧接着，在淀粉酶的作用下，首先消化接近盾片上皮细胞的胚乳，然后向上推移。淀粉粒的消化，最先把复淀粉粒分解为单淀粉粒，单淀粉粒又逐渐被消化，体积又变小，之后淀粉被完全消化和吸收利用。到稻谷发芽后的第4天，胚乳干重随着发芽天数而不断下降，淀粉转化成的可溶性全糖不断增加。
淀粉分解有两条途径：一条是走淀粉酶和麦芽糖途径，即淀粉水解途径，它由a-淀粉酶、B-淀粉酶和R-酶等淀粉水解酶把淀粉水解为麦芽糖，在麦芽糖酶的作用下，麦芽糖又分解为葡萄糖；另一条是走淀粉磷酸化酶途径，即磷酸化分解途径，淀粉在淀粉磷酸化酶的作用下分解为1-磷酸葡萄糖。
实验表明，稻种在30℃温度发芽时，催化淀粉分解主要是走淀粉水解途径，其中a-淀粉酶起着主要作用，而磷酸化酶分解是次要的。不过在低温条件下就不同，磷酸化酶在低温时才比较活跃，早春寒潮来临时，这种酶就能把淀粉分解成糖，提高细胞液渗透压，有利于抗寒。
稻种发芽期间，胚乳和胚之间的糖类分解和合成是动态平衡的。稻种萌发时，胚乳中葡萄糖的含量最多，以葡萄糖为主的可溶性糖就从胚乳运到胚部，这些糖就供胚部细胞呼吸之用和供幼根、幼芽形成新细胞之用。多余的可溶性糖，又可重新合成为蔗糖和淀粉，达到新的动态平衡。
稻种谷粒萌发是一个由休眠到活跃生长的过程。种子萌发时，有机物的分解、运输和重组过程都需要能量，器官的生长也需要能量，所以，种子萌发时呼吸的强弱和类型都会影响到其他生理过程。
在种子萌发过程中，不仅呼吸强度不同，呼吸类型也有所改变。在种子萌发后24小时内，种子吸氧较少，呼吸熵大于1，说明此时主要是无氧呼吸；36小时以后，又转为以有氧呼吸为主。根据稻种在萌发时的代谢特点，可将萌发分为两个性质不同的阶段。
第一阶段：从吸胀到露白。
这时的主要问题是水分，由于种皮没有突破，此时不论有氧还是无氧，都以无氧呼吸为主，呼吸酶以脱氢酶为主，胚芽生长所需的能量是由无氧呼吸供给的，所需的物质主要靠胚部贮藏的物质转运而来。露白后，幼胚中的胚芽鞘和胚根鞘等既成器官的生长，主要是细胞的生长，在有氧和无氧条件下都可进行，但在无氧条件下比在有氧条件下生长要更快而且更持久。
第二阶段：从露白到真叶生长。
种子露白后，种皮已被突破，无种皮限制时，外界的氧气能畅通地进入种子内，此时呼吸类型又转为有氧呼吸，呼吸酶又增加了末端氧化酶。胚根和真叶生长所需的能量是由有氧呼吸供给的，所需的物质来自胚乳的贮藏物。如果这时期缺氧，则胚乳内的淀粉酶活性很低，淀粉不易分解，养分不足，所以形成的器官就小且生长慢，即胚根和真叶生长受阻。而在氧气充足的条件下，呼吸作用强，酶非常活跃，产生的能量和物质就多，有利于壮根壮芽。
熟悉稻种萌发的基础知识，是做好稻种浸种催芽技术工作的前提。但是，在生产实践中往往因种质、天气等因素，或者操作不当，在浸种催芽过程中，就会引发各种各样的异常现象。
1.浸种催芽过程中出现“盲谷”现象的原因、鉴定特点和补救措施
“盲谷”即没有发芽的稻种谷粒，是正常的有生命的稻种谷粒，“盲谷”发生的位置主要是在催芽的稻种谷堆的外围。发生“盲谷”现象，有三个方面的原因：
- 稻种的后熟期有关。一般来说，后熟期较长的或者休眠期较长的品种或组合，其稻种在早造收割晚造用种的，往往在浸种催芽时出现较多的“盲谷”现象。
- 与浸种时间短有关。种子吸水不足，不露白。由于稻种谷粒仍硬实，种子内酶的活动未被激活，无生理生化反应过程，种温不能上升，引发“盲谷”现象。
- 与催芽温度不够有关。操作不慎，种子谷堆温度不高，特别是在早春浸种催芽遇上寒流天气时，保温不及时，就易造成种堆外围的稻种谷粒温度不够，不能促使萌动发芽，形成“盲谷”现象。
- 鉴定特点：①因某一品种或组合有较长的后熟期，或者说休眠期，发生“盲谷”现象较为普遍；②若是因操作不慎造成的“盲谷”，只发生在个别农户中；③“盲谷”是有生命的，把这些“盲谷”再浸种催芽，是可以发芽的。
- 补救措施：①迅速用40℃的温水淘种，保持30分钟的淘种时间；②种子放入种子窝后，用40℃～45℃的温水淋透种子，随即包裹，保温保湿继续催芽；③事前可用稀硝酸溶液浸种，打破种子休眠。有人试用1克强氯精配1千克水浸1千克种子，浸种2个小时后，洗净种子再放清水浸种，这样的方法既可进行种子消毒又可打破种子休眠，能快速催出整齐的谷芽。
2.高温烧芽的机理、表现性状及补救措施
浸种过后是高温破胸，温度保持在40℃～45℃，10多个小时就能破胸露白，既迅速又整齐，达到“一夜齐”效果，随即保温催芽。但是，由于检查翻动不及时，种堆内的温度继续升高，当温度超过40℃，持续时间又过长时，就会烧坏胚芽。
浸种过后是高温破胸，温度保持在40℃～45℃，10多个小时就能破胸露白，既迅速又整齐，达到“一夜齐”效果，随即保温催芽。但是，由于检查翻动不及时，种堆内的温度继续升高，当温度超过40℃，持续时间又过长时，就会烧坏胚芽。
高温烧芽的机理：一是因为高温可使酶蛋白变性，破坏酶的活性；二是高温形成的初期，种子呼吸旺盛，造成谷种堆内严重缺氧，转为无氧呼吸，产生酒精，妨碍胚芽胚根生长。
高温烧芽表现出的症状：出芽不整齐，有盲谷；已发芽的种子出现畸形，如芽弯曲、幼根缺乏根毛等，根尖和芽尖枯死；谷芽有酒酸味。更多的情况是种子表面发黏，严重时有浓厚的酒酸味，已出的胚芽胚根枯死变黄，呈水渍状。
补救措施：当发现高温烧芽时，必须立即翻动种子，散开降温；再用15℃～20℃的水淘谷种，以降低种温和清洗谷壳表面的黏质物，然后将谷种摊在通风地方，保持室内12℃～15℃，翻动种子，通风透气，经过半天左右的时间，就可以重新起温催芽。
